Вскоре после рождения был похищен Орочимару. Тот ввёл ДНК Первого Хокагэ в тело мальчика в надежде, что он сможет воспроизвести технику стихии дерева, прославившую Хашираму Сэнджу. Хотя другие подопытные погибли, Ямато выжил. Так как в его теле находится ДНК Первого Хокагэ, он может использовать древесные дзюцу и управлять древесиной в различных техниках, таких как клонирование и захват противника. Способность использовать стихию дерева — главная причина его назначения временным лидером команды Какаши. Может использовать эти способности для подавления Девятихвостого демона-лиса, запечатанного внутри Наруто, в случае необходимости.
После того Ямато был отправлен вместе с Наруто на черепаху-остров, оттуда он был похищен Кабуто, после чего его гены были использованы для выращивания клонов Зэцу с целью создания многочисленной армии.
