История Пейна берёт своё начало в Селении Дождя. После смерти Яхико Нагато полностью осваивает риннэнган и через некоторое время создаёт Шесть Путей Боли. Мечта Яхико становится его мечтой, но путь, по которому он идёт, — его собственный. Первым он убивает Ханзо, после чего становится негласным лидером Селения Дождя. Он поднимает деревню с колен, защищая её от опасностей наружного мира. Жители деревни начинают боготворить его, называя Богом, а Конан — Божьим Ангелом.
Постепенно набрав сильнейших синоби в Акацуки, организация начинает охоту на дзинтюрики. Пытаясь узнать больше об Акацуки и их лидере, Джирайя отправляется в Деревню Скрытого Дождя. Там он сталкивается с Пейнами и узнаёт среди них одного из своих учеников — Яхико, после чего погибает от их рук.
Когда остаётся незахваченным только девятихвостый, Пейн направляется в Коноху, чтобы найти Наруто и захватить запечатанного в нём Кьюби. В результате он разрушает Деревню Листа, но Наруто всё-таки удаётся уничтожить всех Пейнов и узнать, где находится тот, кто ими управляет.
