Во II части является одним из синоби, посланных для захвата организации Акацуки, которые вторгаются в Страну Огня. В одном из предполагаемых убежищ Ямаширо и его напарники берут под стражу преступника, который сотрудничает с Акацуки. Когда Аоба и его команда получают уведомление от Асумы о том, что Хидан и Какузу обнаружены, то отправляется на помощь. Спасает команду №10. В сражении с Какузу и Хиданом использует технику Тысячи Рассеянных Ворон, дабы скрыть движения Райдо Намиаши, чтобы тот мог атаковать противников, пока они не напали на команду №10.
Перед началом Четвертой Мировой Войны Синоби Аобу выбирают в качестве одного из телохранителей Наруто, по пути на остров Камугакурэ, на котором мальчика и Киллера Би прячут от Акацуки. Когда Наруто раскрыл, что с ними все время прятался член Акацуки — Кисамэ, которого смогли схватить, Аоба с помощью своей техники проник в его память, где узнал, что Четвертым Мизукагэ — Ягурой — управлял не кто иной, как Мадара Учиха. Когда же Кабуто нападает на остров, Аоба старается выпытать хоть какую-нибудь информацию, но ему это не удается, из-за чего у Кабуто получается схватить Ямато.
