2199 год. Планета Земля была превращена в радиоактивную необитаемую пустошь. Постоянные атаки враждебно настроенных пришельцев с планеты Гамилус заставляют оставшееся население оставаться под землёй. Тем не менее, дружественная инопланетная раса с планеты Искандар вступает в контакт с людьми и передаёт им чертежи для постройки могущественного космического боевого корабля. Космический флот объединённых наций, который был разбит силами Гамиласа, восстанавливает давно затонувший линейный корабль Ямато и с помощью инопланетных технологий улучшает его, нарекая новым названием — космический линкор Ямато.
