Действие «Гакко но кайдан» разворачивается в академии Тэнгурихама и сосредоточено вокруг главного героя Юкихиро Канбы, который недавно поступил в академию после того, как его усыновил дядя. Однажды Юкихиро случайно встречает Юко Коконоэ, пробежавшую по лестнице у него за спиной и тут же скрывшуюся на лестнице. Затем Юкихиро натыкается на гимнастический клуб, участники которого пытаются завербовать его, но Юко им мешает. В итоге он вынужден вступить в «клуб лестниц» — неофициальный клуб, устраивающий забеги по лестницам. Поначалу Юкихиро не хочет вступать в клуб из-за его дурной репутации среди учеников, но позже находит эти занятия захватывающими и решает остаться в клубе.