В неизвестном будущем океанами Земли овладевает так называемая Океанская империя во главе с военачальником Хелл Десбёрдом. Империя требует получения специального разрешения на перемещение товара через океаны и высокие налоги, в противном случае суда будут уничтожены. Человечество объявляет войну новой империи и единственной надеждой человечества становится таинственная супер-подлодка 99, разработанная Оки Дзюдзо.
