Позже выясняется, что Рей является сосудом для души Ангела Лилит и была своего рода клоном Юи Икари, которого Гэндо Икари и Кодзо Фуюцуки специально создали, чтобы использовать в качестве инструмента совершенствования человечества. Её лишённых души клонов тайно хранят на уровне терминальной догмы штаба Nerv, чтобы использовать в качестве «ядер» в псевдопилотах или как запасные тела для Рей, если та умрёт.
В «Евангелион 1.11: Ты (не) один» Гэндо Икари и Кодзо Фуюцуки упоминают свой план, завязанный вокруг Синдзи и Рей. В цикле Rebuild Рей была создана Гэндо как клон серии «Аянами», запрограммированный на влечение к Синдзи.
В «Евангелион 2.22: Ты (не) пройдёшь» Рей приглашает своих друзей в Nerv на праздничный ужин, намереваясь наладить отношения Синдзи с его отцом. Однако после инцидента с Евой-03 Синдзи ссорится с Гэндо и временно покидает Nerv. Когда появляется десятый Ангел, Рей активно пытается его остановить, но вскоре Ангел пожирает Еву-00 вместе с ней. Увидев это, Синдзи возвращается пилотировать Евангелион-01 и даже начинает Третий удар, чтобы спасти Рей из ядра Ангела.
В «Евангелион 3.33: Ты (не) исправишь» Рей не появляется в истории, но её голос Синдзи слышит на борту «AAA Wunder» во время нападения Mark.09. Поначалу Синдзи ошибочно принимает шестого клона Рей за оригинальную Аянами. Кодзо Фуюцуки раскрывает Синдзи правду: Рей — один из многочисленных клонов Юи Икари.
В «Евангелион 3.0+1.01: Как-то раз» показано, что душа Рей находилась внутри Евангелиона-01 на протяжении четырнадцати лет.
