1999 год. Будучи профессором мета-биологии в Киотском университете, Фуюцуки заинтересовался научными исследованиями и теориями Юи Икари и стал её наставником и научным руководителем. Вскоре после этого ему пришлось оказывать протекцию перед полицией Гэндо, как одному из своих студентов. В 2002 году, после Второго удара, когда Фуюцуки отправился с экспедицией Гэндо к останкам Антарктиды, начал подозревать, что Икари и его сообщники в Seele являются более сильными и опасными, чем он изначально подозревал. В 2003 году Фуюцуки собрал доказательства истинных событий, приведших ко Второму удару, а также участие Seele в этой катастрофе, и пришёл с этим к Гэндо, угрожая обнародовать всё. В ответ тот провёл его в Геофронт и центральную догму и спросил Фуюцуки: «Не желает ли он присоединиться к ним в создании нового будущего для человечества?» Во время сцены воспоминаний в «Конец Евангелиона» Фуюцуки упоминает, что Seele угрожал сделать так, чтобы он «исчез», подразумевая, что его вербовка, возможно, была своего рода шантажом.
В первых двух фильмах Rebuild of Evangelion роль Фуюцуки эквивалентна аниме-сериалу. Он тайно присутствует на встречах Гэндо Икари и Seele, выражая опасения о мощи Евангелиона Mark.06.
В «Евангелион 3.33: Ты (не) исправишь» Фуюцуки становится более заметным, раскрывая Синдзи Икари правду о Рей Аянами. Он помогает Гэндо отключить монолиты Seele и в конце фильма находится с ним на борту крейсера NHG Erlösung.
В «Евангелион 3.0+1.01: Как-то раз» Фуюцуки с помощью сосудов Адамов заманивает «AAA Wunder» в ловушку для завершения Четвёртого удара. Показано, что он знаком с Мари Илластриэс Макинами, которая, как и Юи Икари, была его учеником в университете.
