Познакомился с Юи Икари и Кодзо Фуюцуки в университете Киото, когда учился там. Добрачная фамилия Гэндо — Рокубунги, он сменил её на Икари после женитьбы на Юи. Любовницами Гэндо Икари после смерти жены стали сначала Наоко Акаги, а затем и её дочь Рицуко Акаги.
В Rebuild of Evangelion характер Гэндо не отличается от оригинального сериала. В первых двух фильмах серии он тайно стремится свести Синдзи с Рей для пробуждения Евангелиона-01.
В «Евангелион 3.33: Ты (не) исправишь» Гэндо задействует Синдзи и Каору как пилотов Евы-13, чтобы начать Четвёртый удар и уничтожить тринадцатого Ангела. К концу фильма Гэндо отключает монолиты Seele, взяв проект совершенствования человечества в свои руки. С третьего фильма он носит очки-маску, наподобие тех, которые носил Кил Лоренц в аниме-сериале. По утверждению Каору, является «королём Лилим».
В «Евангелион 3.0+1.01: Как-то раз» Гэндо использует сосуды Адамов и Евангелион-13 для завершения Четвёртого удара и уничтожения девятого Ангела. С помощью способностей ключа Навуходоносора, он призывает воображаемый Евангелион из антивселенной, инициировав Дополнительный удар.