Во время работы в Gehirn Наоко стала любовницей недавно овдовевшего Гэндо Икари. После завершения в 2010 году комплекса Magi у Наоко случился конфликт с первой Рей Аянами, в ходе которого Рей назвала её «старой каргой» и сказала, что Гэндо сам часто её так называет и говорит, что «от Наоко пора избавиться». После этого она поняла, что Гэндо просто пользовался её влечением, чтобы гарантировать её работу на него. В порыве гнева Наоко задушила Рей, а впоследствии, либо совершила самоубийство, либо была убита при похожих на самоубийство обстоятельствах. Одновременно с этим Gehirn по приказу Кила Лоренца был переформирован в Nerv.
В манге «Евангелион нового поколения» Наоко совершает самоубийство сразу после убийства первой Рей, а Рицуко становится свидетельницей как убийства Рей, так и самоубийства матери.
